根據(jù)《國際運輸船舶增值稅退稅管理辦法》(國家稅務總局公告2020年第18 號)(以下簡稱“第18 號公告”)規(guī)定，船舶退稅計算與補繳應該這樣做，具體如下所示：

運輸企業(yè)從國內(nèi)企業(yè)購進船舶用于國際運輸和港澳臺運輸服務的增值稅專用發(fā)票是計算船舶退稅的主要憑證。如果運輸企業(yè)購進船舶取得的增值稅專用發(fā)票，已用于進項稅額抵扣的，不得申報船舶退稅;已用于船舶退稅的，不得用于進項稅額抵扣。如果運輸企業(yè)已辦理船舶退稅，但后期發(fā)生條件變化，不滿足退稅規(guī)定的應補繳已退稅款。

運輸企業(yè)辦理船舶退稅的退稅款，為運輸企業(yè)購進船舶取得的增值稅專用發(fā)票上注明的稅額。如果運輸企業(yè)已辦理增值稅退稅的船舶發(fā)生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸(或港澳臺運輸)業(yè)務等情形，不再符合財稅〔2020〕41 號文件、財稅〔2020〕52 號文件退稅條件的，運輸企業(yè)應在條件變更次月納稅申報期內(nèi)，向主管稅務機關補繳已退稅款。未按規(guī)定補繳的，稅務機關應當按照現(xiàn)行規(guī)定追回已退稅款。計算公式為：

應補繳稅款=購進船舶的增值稅專用發(fā)票注明的稅額×(凈值÷ 原值);凈值=原值-累計折舊。

應注意，運輸企業(yè)補繳的稅款，可以憑稅務機關開具的解繳稅款完稅憑證上注明的增值稅額，準予從銷項稅額中抵扣。

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