是的，當(dāng)承包經(jīng)營后工商登記仍為企業(yè)時，在這種情況下，承包經(jīng)營獲得的收入通常既要繳納企業(yè)所得稅，又要繳納個人所得稅，具體分析如下：
企業(yè)所得稅繳納原因
工商登記仍為企業(yè)，意味著企業(yè)依舊是獨立的法人主體，依據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》規(guī)定，企業(yè)每一納稅年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補(bǔ)的以前年度虧損后的余額，為應(yīng)納稅所得額 ，需要按照規(guī)定繳納企業(yè)所得稅。
也就是說，企業(yè)在經(jīng)營過程中取得的收入，經(jīng)過一系列稅務(wù)處理后，計算出應(yīng)納稅所得額，按照相應(yīng)的稅率（一般企業(yè)為 25%，也有優(yōu)惠稅率如 15% 等 ）繳納企業(yè)所得稅。這是企業(yè)作為獨立納稅主體的基本義務(wù)。
個人所得稅繳納原因
對企業(yè)經(jīng)營成果不擁有所有權(quán)：如果承包者對企業(yè)經(jīng)營成果不擁有所有權(quán)，僅是按合同（協(xié)議）規(guī)定取得一定所得，這種情況下，承包者取得的所得屬于 “工資、薪金所得” 性質(zhì)。根據(jù)個人所得稅法規(guī)定，居民個人取得工資、薪金所得，需要依法預(yù)扣預(yù)繳或匯算清繳個人所得稅。
對企業(yè)經(jīng)營成果擁有所有權(quán)：當(dāng)承包者對企業(yè)經(jīng)營成果擁有所有權(quán)時，其取得的所得按照 “經(jīng)營所得” 繳納個人所得稅。經(jīng)營所得，以每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，為應(yīng)納稅所得額，適用 5% - 35% 的超額累進(jìn)稅率 。這是因為承包者擁有經(jīng)營成果所有權(quán)，其收入類似于個體工商戶經(jīng)營所得，所以要按 “經(jīng)營所得” 繳納個人所得稅。
綜上，在工商登記仍為企業(yè)的承包經(jīng)營模式下，由于企業(yè)的法人主體地位和承包者個人所得性質(zhì)的不同，會產(chǎn)生企業(yè)所得稅和個人所得稅的雙重繳納情況。