(一)對內(nèi)部控制進行了解和測試的目的不同

在財務(wù)報表審計和內(nèi)部控制審計中，注冊會計師都需要了解與審計相關(guān)的內(nèi)部控制，并都可能涉及測試相關(guān)內(nèi)部控制運行的有效性，但兩者目的不同。注冊會計師在財務(wù)報表審計中了解和測試內(nèi)部控制，是為了識別、評估和應(yīng)對重大錯報風(fēng)險，據(jù)此確定實質(zhì)性程序的性質(zhì)、時間安排和范圍，并獲取與財務(wù)報表是否在所有重大方面按照適用的財務(wù)報告編制基礎(chǔ)編制相關(guān)的審計證據(jù)，以支持對財務(wù)報表發(fā)表的審計意見;注冊會計師在內(nèi)部控制審計中了解和測試內(nèi)部控制，是為了對內(nèi)部控制的有效性發(fā)表審計意見。

(二)測試內(nèi)部控制運行有效性的范圍要求不同

在財務(wù)報表審計中，針對評估的認(rèn)定層次重大錯報風(fēng)險，注冊會計師可能選擇采用實質(zhì)性方案或綜合性方案。如果采用實質(zhì)性方案，注冊會計師可以不測試內(nèi)部控制的運行有效性;如果采用綜合性方案，注冊會計師綜合運用控制測試和實質(zhì)性程序，因而需要測試內(nèi)部控制的運行有效性。

(三)內(nèi)部控制測試的期間要求不同

首先，在財務(wù)報表審計中，針對評估的認(rèn)定層次重大錯報風(fēng)險，如果注冊會計師選擇綜合性方案，需要獲取內(nèi)部控制在整個擬信賴期間運行有效的審計證據(jù)，而在內(nèi)部控制審計中，注冊會計師對于基準(zhǔn)日的內(nèi)部控制運行有效性發(fā)表意見，則僅需要對內(nèi)部控制在基準(zhǔn)日前足夠長的時間(可能短于整個審計期間)內(nèi)的運行有效性獲取審計證據(jù)。

(四)對控制缺陷的評價和溝通要求不同

在內(nèi)部控制審計中，注冊會計師應(yīng)當(dāng)評價識別出的內(nèi)部控制缺陷是否構(gòu)成一般缺陷、重要缺陷或重大缺陷。在財務(wù)報表審計中，注冊會計師需要確定識別出的內(nèi)部控制缺陷單獨或連同其他缺陷是否構(gòu)成值得關(guān)注的內(nèi)部控制缺陷。

(五)審計報告的形式和內(nèi)容以及所包括的意見類型不同

內(nèi)部控制審計報告的形式和內(nèi)容不同于財務(wù)報表審計報告。

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