在建筑行業(yè)，付款主體與開票主體不一致確實可能帶來較大的稅務(wù)風(fēng)險。以下是具體分析及建議：

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一、稅務(wù)風(fēng)險分析
1. 虛開發(fā)票風(fēng)險
- 根據(jù)《發(fā)票管理辦法》第二十二條，發(fā)票必須由實際經(jīng)營業(yè)務(wù)的一方開具。如果分公司未實際提供服務(wù)或貨物，僅以“代收款”名義開票，可能被認定為“與實際經(jīng)營業(yè)務(wù)不符”，構(gòu)成虛開發(fā)票。
- 若總公司與分公司之間無明確授權(quán)或業(yè)務(wù)分包協(xié)議，稅務(wù)機關(guān)可能質(zhì)疑交易真實性，進而認定發(fā)票無效，導(dǎo)致企業(yè)所得稅前扣除和增值稅進項稅抵扣被駁回。

2. “三流一致”原則的挑戰(zhàn)
- 稅務(wù)管理中強調(diào)“資金流、發(fā)票流、業(yè)務(wù)流”三流統(tǒng)一。若付款流向總公司、開票主體為分公司，可能因“三流不一致”引發(fā)稅務(wù)稽查，尤其是跨省交易或大額交易。
- 例如：總公司收款后未及時轉(zhuǎn)付分公司，或缺乏內(nèi)部資金劃轉(zhuǎn)憑證，可能被懷疑存在資金回流或虛構(gòu)交易。

3. 納稅義務(wù)爭議
- 若分公司實際提供建筑服務(wù)，但由總公司開票或收款，可能導(dǎo)致分公司未按規(guī)定申報增值稅，而總公司錯誤承擔(dān)納稅義務(wù)。例如：分公司未獨立核算稅款，總公司匯總納稅時可能漏報分公司收入，引發(fā)補稅風(fēng)險。

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二、建筑行業(yè)的特殊性
1. 國家稅務(wù)總局2017年11號公告的例外規(guī)定
- 允許情形：建筑企業(yè)與發(fā)包方簽訂合同后，可通過內(nèi)部授權(quán)或三方協(xié)議，由分公司直接提供建筑服務(wù)并開票，同時由分公司直接與發(fā)包方結(jié)算工程款。此時，分公司開票且納稅，總公司不重復(fù)繳稅。
- 關(guān)鍵條件：
- 合同明確約定分公司實際履行義務(wù)；
- 分公司獨立核算并直接收取工程款；
- 總公司與分公司簽訂內(nèi)部協(xié)議，明確業(yè)務(wù)分包關(guān)系。

2. 實操中的合規(guī)要點
- 合同簽署：建議采用“三方協(xié)議”模式，即發(fā)包方、總公司、分公司共同簽訂合同，明確分公司為實際服務(wù)提供方和開票主體。
- 資金流轉(zhuǎn)：若付款仍流向總公司，需在合同中約定總公司為“代收代付”角色，并保留資金劃轉(zhuǎn)憑證，確保分公司實際收到款項。
- 稅務(wù)申報：分公司需獨立核算增值稅，并按當(dāng)?shù)囟惥忠笊陥蠹{稅，避免因“四流不一致”被認定為虛開發(fā)票。

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三、風(fēng)險規(guī)避建議
1. 完善合同與內(nèi)部協(xié)議
- 在合同中明確總公司與分公司的責(zé)任劃分，如總公司負責(zé)簽約和收款，分公司負責(zé)施工和開票，并約定資金劃轉(zhuǎn)流程。
- 通過內(nèi)部協(xié)議補充約定，避免因主體不一致導(dǎo)致責(zé)任模糊。

2. 確?！叭骱弦弧弊C據(jù)鏈完整
- 業(yè)務(wù)流：保留施工記錄、驗收單等證明分公司實際提供服務(wù)的文件。
- 資金流：總公司收款后需出具分公司的委托收款書，并保留資金劃轉(zhuǎn)銀行回單。
- 發(fā)票流：分公司開具發(fā)票時，需備注合同編號和項目名稱，與業(yè)務(wù)內(nèi)容匹配。

3. 稅務(wù)合規(guī)處理
- 若分公司獨立納稅，需在本地辦理稅務(wù)登記，并按項目單獨核算收入和稅款。
- 若總公司匯總納稅，需在合同中明確分公司為“內(nèi)部承包單位”，并經(jīng)稅務(wù)機關(guān)備案。

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四、總結(jié)
建筑行業(yè)允許分公司在滿足條件（如內(nèi)部授權(quán)、獨立結(jié)算）時直接開票，但需嚴(yán)格遵循“三流合一”原則，否則可能面臨虛開發(fā)票、納稅義務(wù)爭議等風(fēng)險。建議通過三方協(xié)議、內(nèi)部結(jié)算單據(jù)和資金劃轉(zhuǎn)憑證等措施，確保交易合規(guī)性，并提前與當(dāng)?shù)囟悇?wù)機關(guān)溝通特殊業(yè)務(wù)模式。

在會計和稅務(wù)處理中，付款給供應(yīng)商總公司而由其分公司開具發(fā)票的情況需要特別小心處理，以確保合規(guī)性。以下是基于我的10年以上會計經(jīng)驗的分析：

1. 從法律規(guī)定角度看
- 分公司的資格：根據(jù)《公司法》規(guī)定，分公司不具有法人資格，但其可以在總公司授權(quán)范圍內(nèi)開展業(yè)務(wù)活動，包括開具發(fā)票。只要分公司與總公司之間有明確的授權(quán)關(guān)系，且分公司在其經(jīng)營范圍內(nèi)開具發(fā)票，這種行為在法律上是允許的。

2. 從稅務(wù)規(guī)定角度看
- 特定行業(yè)政策：在建筑行業(yè)，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于進一步明確營改增有關(guān)征管問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2017年第11號）規(guī)定，建筑企業(yè)與發(fā)包方簽訂建筑合同后，以內(nèi)部授權(quán)或者三方協(xié)議等方式，授權(quán)集團內(nèi)其他納稅人（分公司）為發(fā)包方提供建筑服務(wù)，并由分公司直接與發(fā)包方結(jié)算工程款的，由分公司繳納增值稅并向發(fā)包方開具增值稅發(fā)票，發(fā)包方可憑實際提供建筑服務(wù)的納稅人開具的增值稅專用發(fā)票抵扣進項稅額。但此規(guī)定僅針對建筑企業(yè)的建筑服務(wù)，對于其他行業(yè)無此類明確規(guī)定。
- 一般情況分析：對于除建筑行業(yè)外的其他行業(yè)，目前沒有統(tǒng)一的明確規(guī)定允許這種情況。但從稅務(wù)原理上看，如果業(yè)務(wù)實質(zhì)是分公司提供的服務(wù)或貨物，只是付款流向了總公司，那么從真實交易和實質(zhì)重于形式的原則出發(fā)，分公司開票在一定程度上可能是合理的，但需要確保有充分的證據(jù)證明交易的真實性和合理性，如合同、協(xié)議、內(nèi)部審批文件等，以應(yīng)對稅務(wù)機關(guān)可能的審查。

3. 從實際操作及風(fēng)險角度看
- 合同簽訂：建議由項目甲方、總公司、分公司簽訂三方合同，明確約定由分公司執(zhí)行合同，并負責(zé)開具發(fā)票以及辦理財務(wù)結(jié)算等相關(guān)手續(xù)，以確保合同、發(fā)票、資金流的一致性和合理性，降低稅務(wù)風(fēng)險。
- 內(nèi)部管理與溝通：總公司和分公司之間應(yīng)建立完善的內(nèi)部管理和溝通機制，明確業(yè)務(wù)操作流程、責(zé)任劃分和資金調(diào)配方式等，避免出現(xiàn)管理混亂和賬務(wù)不清的問題。同時，要對相關(guān)業(yè)務(wù)進行準(zhǔn)確的財務(wù)核算和稅務(wù)處理，確保符合會計準(zhǔn)則和稅務(wù)法規(guī)的要求。

付款給供應(yīng)商總公司然后供應(yīng)商分公司開票在特定條件下是可能可行的，但需要根據(jù)具體情況和相關(guān)法規(guī)進行謹慎操作，并確保有足夠的證據(jù)支持交易的真實性和合規(guī)性，以防范潛在的稅務(wù)風(fēng)險。