我來給你分析一下這個問題。

一、能否協(xié)商只針對少報收入進行補繳
普通合伙企業(yè)發(fā)現(xiàn)2022年收入少報，稅務局要求按2025年全年收入5個點核定補經(jīng)營所得，這種情況下是有可能與稅務局協(xié)商只針對少報收入進行補繳的，但最終結果取決于多種因素，如稅務局的態(tài)度、企業(yè)提供的證據(jù)等。

二、申訴理由及政策依據(jù)
1. 真實情況說明：向稅務局詳細闡述收入少報是無心之失，比如是由于財務人員工作疏忽、賬務處理系統(tǒng)故障等客觀原因導致的，并非主觀故意逃稅。例如，可以提供相關的證據(jù)，如財務人員的工作記錄、系統(tǒng)故障報告等，以證明少報收入并非惡意行為。
2. 依據(jù)實際收入補繳的合理性：強調按照實際少報的收入進行補繳更符合稅收公平原則。稅收的目的主要是對實際取得的收入進行征稅，既然已經(jīng)明確了是2022年的收入少報，那么應該只針對這部分少報的收入來補繳稅款，而不是按照2025年的收入情況進行核定。可以參考《中華人民共和國稅收征收管理法》中關于稅款征收應基于實際納稅義務發(fā)生的原則，以及國家稅務總局關于企業(yè)所得稅若干問題的公告等文件中對于如實申報和糾正錯誤的相關規(guī)定。
3. 行業(yè)慣例和可比案例：提及在同行業(yè)或類似企業(yè)中，對于少報收入的情況通常是按照實際少報金額進行補繳的?？梢允占恍┩袠I(yè)企業(yè)的類似案例，或者參考當?shù)仄渌髽I(yè)處理類似問題的方式，作為申訴的理由之一，說明按照2025年收入核定補繳不符合行業(yè)常規(guī)做法。
4. 企業(yè)經(jīng)營狀況變化：說明從2022年到2025年，企業(yè)的經(jīng)營狀況發(fā)生了很大變化，市場需求、競爭環(huán)境、成本結構等都有所不同，不能簡單地按照2025年的收入情況來推算2022年的應補繳稅款。例如，可以提供企業(yè)的財務報表、市場調研報告、成本分析等資料，以證明企業(yè)經(jīng)營狀況的變化對收入產生的影響。
5. 稅務政策的穩(wěn)定性和可預期性：強調企業(yè)是基于以往對稅務政策的理解和正常的財務核算進行申報的，稅務局現(xiàn)在按照2025年收入核定補繳，可能會破壞稅務政策的穩(wěn)定性和可預期性，給企業(yè)帶來不必要的負擔和困擾?？梢詤⒖紘叶悇湛偩株P于稅收政策穩(wěn)定性和連續(xù)性的相關文件精神，作為申訴的依據(jù)。