我來給你分析下這種情況可能的原因。 ### 一、稅收政策方面 1. 小型微利企業(yè)判定標(biāo)準(zhǔn)變化 - 小型微利企業(yè)的認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)是動(dòng)態(tài)的。如果分公司在5月申報(bào)時(shí)符合小型微利企業(yè)的條件，比如從事國家非限制和禁止行業(yè)，且同時(shí)滿足年應(yīng)納稅所得額不超過300萬元、從業(yè)人數(shù)不超過300人、資產(chǎn)總額不超過5000萬元等條件。但在6月申報(bào)時(shí)，可能由于經(jīng)營情況發(fā)生變化，例如新接了大項(xiàng)目導(dǎo)致資產(chǎn)總額或從業(yè)人數(shù)大幅增加，不再滿足小型微利企業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)，就無法享受增值稅減免政策。 - 政策本身可能會(huì)有調(diào)整。雖然小型微利企業(yè)的增值稅優(yōu)惠政策在一定時(shí)期內(nèi)相對(duì)穩(wěn)定，但國家可能會(huì)根據(jù)經(jīng)濟(jì)形勢(shì)等因素對(duì)政策進(jìn)行微調(diào)。如果在5月到6月期間，相關(guān)政策發(fā)生了變化，提高了享受減免的門檻或者改變了減免的范圍，也可能導(dǎo)致6月無法享受減半征收。 2. 納稅期限和政策適用問題 - 增值稅有不同的納稅期限，如1日、5日、15日、1個(gè)月或者1個(gè)季度等。如果分公司的納稅期限是按月申報(bào)，有可能在5月申報(bào)的是上個(gè)月的稅款，當(dāng)時(shí)符合減免條件，而6月申報(bào)的是當(dāng)月稅款，當(dāng)月的經(jīng)營情況或者稅收政策適用性發(fā)生了變化。 - 有些稅收優(yōu)惠政策可能是針對(duì)特定時(shí)期的稅款征收，例如為了緩解企業(yè)在某個(gè)特殊時(shí)期（如疫情期間）的資金壓力而出臺(tái)的臨時(shí)性減免政策。如果這個(gè)政策在5月仍然有效，但到了6月已經(jīng)過期，也會(huì)出現(xiàn)你這種情況。 ### 二、企業(yè)自身情況方面 1. 進(jìn)項(xiàng)稅額和銷項(xiàng)稅額變化 - 5月申報(bào)增值稅時(shí)，可能進(jìn)項(xiàng)稅額相對(duì)較多，銷項(xiàng)稅額較少，計(jì)算出的應(yīng)納稅額符合小型微利企業(yè)的減免標(biāo)準(zhǔn)，能夠享受減半征收。但在6月，如果進(jìn)項(xiàng)稅額減少（例如供應(yīng)商開具的專用發(fā)票減少或者不符合抵扣條件），而銷項(xiàng)稅額增加（如業(yè)務(wù)量大增，銷售額上升），導(dǎo)致應(yīng)納稅額超過了可以享受減免的額度，就無法享受減半征收。 - 可能存在未正確取得或認(rèn)證進(jìn)項(xiàng)稅額發(fā)票的情況。如果在6月有一些進(jìn)項(xiàng)稅額發(fā)票沒有及時(shí)取得或者沒有在規(guī)定期限內(nèi)進(jìn)行認(rèn)證，無法抵扣，也會(huì)使得應(yīng)納稅額增加，從而不符合減免條件。 2. 申報(bào)數(shù)據(jù)和信息準(zhǔn)確性 - 5月申報(bào)時(shí)，可能由于財(cái)務(wù)人員工作細(xì)致，申報(bào)數(shù)據(jù)準(zhǔn)確無誤，符合小型微利企業(yè)增值稅減免的所有要求。但在6月申報(bào)過程中，可能出現(xiàn)數(shù)據(jù)填寫錯(cuò)誤，例如銷售收入填寫不實(shí)、稅率適用錯(cuò)誤等，導(dǎo)致系統(tǒng)判定不符合減免條件。 - 企業(yè)的稅務(wù)登記信息、財(cái)務(wù)報(bào)表等相關(guān)信息如果有變更，但沒有及時(shí)在稅務(wù)系統(tǒng)中更新，也可能影響增值稅減免的判定。比如企業(yè)在5月后變更了經(jīng)營范圍或者注冊(cè)地址等信息，沒有及時(shí)告知稅務(wù)機(jī)關(guān)，使得稅務(wù)機(jī)關(guān)在6月審核時(shí)認(rèn)為企業(yè)不符合減免條件。 ### 三、稅務(wù)機(jī)關(guān)監(jiān)管和系統(tǒng)方面 1. 稅務(wù)機(jī)關(guān)審核調(diào)整 - 稅務(wù)機(jī)關(guān)在5月審核時(shí)可能基于當(dāng)時(shí)提交的資料和信息，認(rèn)定企業(yè)符合小型微利企業(yè)條件，給予增值稅減半征收。但在6月，稅務(wù)機(jī)關(guān)可能進(jìn)行了更深入的檢查或者抽查，發(fā)現(xiàn)企業(yè)存在一些不符合小型微利企業(yè)認(rèn)定的潛在問題，如關(guān)聯(lián)交易不合理、成本費(fèi)用核算不規(guī)范等，從而取消了減免資格。 - 稅務(wù)機(jī)關(guān)的征管系統(tǒng)可能進(jìn)行升級(jí)或者數(shù)據(jù)更新。在系統(tǒng)更新過程中，可能會(huì)出現(xiàn)數(shù)據(jù)匹配錯(cuò)誤或者對(duì)政策的解讀差異，導(dǎo)致6月申報(bào)時(shí)無法享受原本在5月可以享受的減免政策。 2. 系統(tǒng)故障或數(shù)據(jù)延遲 - 稅務(wù)申報(bào)系統(tǒng)可能出現(xiàn)短暫的故障，在6月申報(bào)時(shí)，系統(tǒng)無法準(zhǔn)確識(shí)別企業(yè)的小型微利企業(yè)身份或者無法正確應(yīng)用減免政策。也有可能是數(shù)據(jù)在傳輸過程中出現(xiàn)延遲，使得企業(yè)在6月申報(bào)時(shí)，系統(tǒng)還沒有及時(shí)獲取到企業(yè)仍然符合減免條件的最新信息。 你可以先仔細(xì)核對(duì)企業(yè)自身的經(jīng)營數(shù)據(jù)、申報(bào)信息以及稅收政策的變化情況，看看是哪個(gè)環(huán)節(jié)出現(xiàn)了問題。如果還是不清楚，建議聯(lián)系當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)，向他們咨詢具體原因。